button だとダメ、 a タグだと大丈夫。
jQuery の処理で閉じられているので、そのあたりも調べる必要ありそう
<button class="btn btn-primary pull-right submit" id="import" onClick='bootbox.alert("hello");'>インポート</button>
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<a class="btn btn-primary pull-right submit" id="import" onClick='bootbox.alert("hello");'>インポート</a>